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马来西亚一直维持二元化的医疗福利服务体系，即以政府医院为主的低收费医疗服务体系，以及以商业机构为主的高收费私立医疗服务体系。基本上马来西亚的健康和医疗服务是采取金字塔型的转诊模式（pyramid of referral institutions），而这个金字塔是由政府、私立综合医院、地区医院（（district hospital）、小区诊所（policlinic））、主要的健康中心、助产士和流动及一般私人诊所组成。最底部是基层医疗网络，包括公私立门诊诊所、妇幼诊所，以及乡村健康系统（健康中心、次中心和助产诊所等），提供门诊、妇幼保健服务;而中层部份则由分布在全国各地的地区医院提供住院和康复治疗等服务;最后一层是各州的综合医院和专科医学中心（例如国家心脏病中心），主要是提供专科医疗服务。国家卫生部是中央政府负责健康照护服务的主要单位，主要任务是制定统一的卫生政策和方案，以及各种专业程序和技术标准、并通过各级医疗服务体系提供民众各种医疗照护服务。在各州一级，州政府医疗和卫生行政单位除了配合中央政府的政策与目标外，还可以根据地方上的需求，制定符合其实际情况的卫生政策。

除卫生部外，马来西亚联邦政府其它部门也提供健康照护的相关服务。教育部主要负责培训医疗服务人员和推动学校卫生方案，其中包括预防接种、实施口腔保健和营养方案等。环境科技部主要负责公共环境卫生，包括污水处理、毒物和危险物品控制等。人力资源部主要是监督和执行职业卫生和安全政策，此外，还通过职工社会安全基金（SOCSO），提供职业灾害医疗和康复补助。社会福利部则主要提供康复、老龄人群、毒品滥用者、精神病患者以及残疾人的机构照护。

在医疗经济学者Roemer的一项全球性医疗福利体系的比较研究中，马来西亚被定义为福利取向系统。其中，最主要的原因是政府在医疗福利财务中仍负主要的筹资责任，以保障为相当大比例的国民负担其医疗照护成本，其医疗福利利主要财政来源包括以下三个方面∶

首先，一般税收作为政府医院体系的主要财源，由联邦政府卫生部直接编制预算，以一次支付预算的方式（lump-sum budget）支付公共医疗福利体系的开支，其中包括运营预算（Operating budget）和发展预算（Development budget）两大部份。运营预算主要支付包括管理、公共卫生、医疗照护、支持服务等各项支出以及新政策的推广。发展预算则主要用在培训、设备采购以及医院的设立和扩建方面。根据马来西亚卫生部的官方统计资料、来自患者的收费仅

占政府医院运营支出的3%;相对而言私立医疗机构的经费则几.平全部来自昂需的医疗费用.

其次.职工社会安全基金（SOCSO）是一种强调雇主责任的社会保险制度。凡月薪1000元（随国民收入水平而调整）以下的雇员必须强制投保，保费则由雇主全额负担。当发生职业伤害时，

这项基金将提供雇员的医疗费用、致残补助、照护津贴及康复津贴等。

第三则是私人保险公司。在"健康马来西亚"（Sihat Malaysia）计划下（一种政府鼓励私人保险公司开办的医疗保险方案），政府大力推动国民预付健康保险，基本上是一种与美国健康维护组织（ HMO）相仿的商业保险计划。被保险人可以在特约的医院接受医疗服务，并直接由保险公司支付医疗费用，近年来颇为流行。